I want to use Geneland for cytochrome b sequences of the mitochondrial DNA. Could somebody share with me an example input file for DNA sequences?
Thank you very much.
Raul
Hola Ana.
Te pego una explicación que le hice a un colega. Fijate tambien los archivos adjuntos
You have to prepare one data set with the genetic data of each individual and then a second data set with the geographic coordinates of each individual.
For the genetic data set, you should use only the polymorphic sites and then you have to transfor, the sequences into numbers, for example: A:1, C:2, G:3 and T:4
For example:
AACCGTA would be 112234.
For the geographic data set you must put first "longitude" and then "latitude".
I am sending to you two files with information of 30 individuals.
In the GeneticData set you will see 33 variable sites of those individuals (one row per individual). It does not matter if they have the same haplotype.
In the GeographicData set you will see the geographic coordinates of the 30 individuals that belong to 5 localities. The different individuals of the same locality have the same coordinate.
I hope you understand my explanation.
Best wishes,
Raul
Hola Raúl:
te adjunto un archivo donde trabajan secuencias de ADN con Genland. Comentan paso a paso como modificaron la matriz para hacerla compatible con Genland. Hay otro programa para filogeografía que puede ser utilidad para vos: BAPS (http://www.helsinki.fi/bsg/software/BAPS/). Abrazo
Muchas gracias Adrian. Ahora lo veo y trato de seguirlo.
Abrazo
Raul
Hola Raúl,
También estoy interesada en tener un ejemplo de archivo para Geneland. Conseguiste hacer uno?
Muchas gracias,
Alicia
Hola Alicia.
Si, finalmente consegui archivos. Te puedo mandar uno en privado. Dame tu email.
Saludos.
Raul
Dear Raúl,
Could you send me such sample file? I'm trying hard to understand this by myself but I've got little success so far. Thanks so much!
Hola Raul, ando en la misma búsqueda!!! Un ejemplo de archivo para secuencias de ADN mit para correr en Geneland. Si tenes un ejemplo me lo podrías pasar. Mil Gracias!
Hola Raúl, justamente quisiera explorar mis secuencias de mtDNA en Geneland, si me pudieras compartir el archivo de ejemplo te lo agradecería mucho. Saludos.
Hola Ana.
Te pego una explicación que le hice a un colega. Fijate tambien los archivos adjuntos
You have to prepare one data set with the genetic data of each individual and then a second data set with the geographic coordinates of each individual.
For the genetic data set, you should use only the polymorphic sites and then you have to transfor, the sequences into numbers, for example: A:1, C:2, G:3 and T:4
For example:
AACCGTA would be 112234.
For the geographic data set you must put first "longitude" and then "latitude".
I am sending to you two files with information of 30 individuals.
In the GeneticData set you will see 33 variable sites of those individuals (one row per individual). It does not matter if they have the same haplotype.
In the GeographicData set you will see the geographic coordinates of the 30 individuals that belong to 5 localities. The different individuals of the same locality have the same coordinate.
I hope you understand my explanation.
Best wishes,
Raul
- Badges
- Science method