Hola Adamid:

Ayudaría mucho si pusieras una foto del electroferograma. Es muy confusa la forma en que lo planteas y es complicado saber qué quieres exactamente.

Gracais Ricardo por contestar, aca le pongo la foto de uno de los uq me han salido con varias bandas, mi ignorancia en el tema es bastante y no se si la pregunta fue adecuada tal cual la hice, no soy estudiado graduado en genetica, pero sí autodidacta, me gustaria saber cuales atributos hace resaltar cada primer, como ejemplo he leido que el primer 33 lo relacionan a genes de resistencai a Monilia en cacao, entonces me pregunto si todos los que les aparece banda o doble banda en primers 33 son resistentes?

Estimado Adamid:

El gel es perfecto y a primera vista salta que, excepto 2 loci (marcadores 7 y 8) el resto amplifican muy bien en la muestra. También se podría deducir que el ADN amplificado es de origen diploide (a menos que haya amplificaciones inespecíficas en los loci que tienen 2 alelos, luego te comento con más detalle), pues agunos loci (33, 12 y 29) tienen 2 alelos. Me "preocupa" el prefijo mT de los loci pues en algunos casos a los microsatélites mitocondriales se les añade el prefijo mT. ¿Cuál es el problema? Que a diferencia del ADN nuclear de las células somáticas, en el que cada cromosoma está representado por su homólogo (en células diploides), el ADN mitocondrial es circular, similar al de las bacterias. Ello significa que si los primers que has usado son para amplificar ADN mitocondrial, entonces deberías ver una única banda por marcador.

Respecto a que el marcador 33 podría estar relacionado con gene(s) de resistencia, no te podría decir si es "cierto" o no. He estado buscando información pero no he encontrado nada al respecto. Encontrar marcadores asociados a características importantes es el sueño de todo mejorador. Ello significa que no determinas directamente la "presencia" de un caracter, sino que lo infieres a partir de una determinada característica. En caso que nos ocupa sería que, si el marcador 33 amplifica en una muestra (árbol) se podría inferir con una cierta probabilidad este árbol podría ser resistente a Monilia. Esa probabilidad depende, generalmente, de lo cerca que esté la región microsatélite al gen en cuestión: mientras más cerca estén, más alta será la probabilidad de que ambos se hayan transmitidos juntos a la descendencia y viceversa.

Esta explicación es muy generalista pero es imposible abordar aquí todas las posibilidades.

Espero que esto te pueda servir de ayuda

Gracias Ricardo por su tiempo y conocimiento, aca le agrego esta captura de pantalla que un dia obtuve de este sitio y en especifico del Primer CIR33, ya no recuerdo ni como entré al sitio y luego trate de verlo de nuevo y no pude, me parece bien lo que comenta pues me instruye en el tema, pero aparte que solo aparezca una banda, qué indica cunado no aparecen para determinados primers y determinados ecotipos? de los 40 materiales colectados, 37 son criollos y en muchos no aparecieron bandas y en otros como el mostrado, aparecieron doble banda en muchos primers.

si tiene documentacion en la que podria aprender mas sobre genetica de cacao, seria genial obtenerla. De antemano gracias.

Como te decía antes, esto se presta a múltiples interpretaciones. Vamos a imaginar primero que la hipótesis de la que partes es la correcta: que el microsatélite 33 es mitocondrial y que a su vez el gen(es) de resistencia también está(n) localizados en la mitocondria. Ello supone que sólo son transmitidos (región SSR y gen de resistencia) por herencia materna y que no son afectados por la recombinación; por lo que, a menos que haya ocurrido una mutación, se asumirá que siempre que haya amplificación para ese microsatélite, podría significar que el árbol en cuestión porta el gen de la resistencia. Lo contrario no necesariamente podría ser cierto, es decir que si no hay amplificación (banda) no hay resistencia; aunque las probabilidades dserían menores.

Si te sales de ahí, las interpretaciones/variaciones serían muchas, por eso es mejor hacer un análisis casuístico.

La aparición de varias bandas podría significar una menor especificidad de unión del primer al molde (ADN). En muchos casos se puede solucionar aumentando la temperatura de annealing de la PCR, pero no siempre funciona. En este último caso, lo mejor sería prescindir del marcador pues podría inducir a falsas interpretaciones.

Espero haberte podido ayudar.

Muchas suerte. De todas formas, si necesitas algo más también puedes usar mi correo electrónico: [email protected]