Hi everyone,
I would like to know how can I use BLAST to find hypothetical targets in a whole genome for some specific miRNAs that I have. It would be much appreciated!
So, You can do a nBlast or xBlast. He give to you hypothetical proteins, predicted proteins, proteins, and give the same with the miRNAs and 3D structure !
Thank you, Talita, so I can basically add the FASTA sequence of my miRNA and select the whole genome from the organism that I want and nBlast or xBlast will do the work?
I will try that!
you can use Standalone (Local Blast) following Miranda (Finds potential target sites for miRNAs in genomic sequence)
Hey Anita, can you please teach me how to do that? I have both miRNA`s sequence and the desired organism genome
Thanks!
Ya sure, it uses command, you can go through attached document (on cotton ), it describes complete process step by step.....
Então Heverton.
O blastn do NCBI, geralmente, tem muito lixo, aprendi a confiar no blastx para isso. Você colocar sua sequência FASTA ou o código de acesso do genoma que você tem. O blastx do NCBI é uma verdadeira máquina de encontrar genomas similiares ao seu, proteínas preditas e hipotéticas, e é claro, acontece a mesma coisa no caso de se tratar de um miRNA.
Trabalhar com genoma é algo delicado, que exige tempo paciência. Sorte e sucesso com a pesquisa!
Olá, Talita, muito obrigado pela resposta!
Eu tentei aqui mas não tive sucesso, provavelmente estou errando em algo básico. na página do Blastn eu coloco a Stem-loop sequence do meu miRNA (aae-mir-2940) na aba Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) do BLAST porém como resultado eu não encontro o esperado, que era o gene codificante para uma metalloprotease. Como resultado obtenho só
>ref|NW_001810888.1| Aedes aegypti strain Liverpool supercont1.222, whole genome shotgun
sequence
Length=1795534
Features flanking this part of subject sequence:
19685 bp at 5' side: glutathione S-transferase, putative
170094 bp at 3' side: otopetrin
Então. Você ainda pode tentar fazer o blastx com o código de acesso do seu miRNA ou o FASTA, que é o que dá mais certo. O segredo é não desesperar-se! Quando isso aconteceu em comigo, eu quase entrei em pani. Mas é se acalmar que logo se resolve. No entanto, se no final, nada der certo, você pode recorrer ao Núcleo em Ecologia e Desenvolvimento Sócio-Ambiental de Macaé (NUPEM/ UFRJ). O lab em que faço IC fica lá. Qualquer coisa, pode aparecer!
Mas enfim, tente isso!!
Vá a página do blastx (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&BLAST_PROGRAMS=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome) e em Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) coloque a sua sequência FASTA ou código de acesso e clique em blast.
Boa sorte!
hehehehe valeuu por toda a juda, viu :)
Pelo visto deu certo aqui, acabei com essa novela do microRNA!
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