I would like to know how can I use BLAST to find hypothetical targets in a whole genome for some specific miRNAs that I have. It would be much appreciated!
So, You can do a nBlast or xBlast. He give to you hypothetical proteins, predicted proteins, proteins, and give the same with the miRNAs and 3D structure !
Thank you, Talita, so I can basically add the FASTA sequence of my miRNA and select the whole genome from the organism that I want and nBlast or xBlast will do the work?
O blastn do NCBI, geralmente, tem muito lixo, aprendi a confiar no blastx para isso. Você colocar sua sequência FASTA ou o código de acesso do genoma que você tem. O blastx do NCBI é uma verdadeira máquina de encontrar genomas similiares ao seu, proteínas preditas e hipotéticas, e é claro, acontece a mesma coisa no caso de se tratar de um miRNA.
Trabalhar com genoma é algo delicado, que exige tempo paciência. Sorte e sucesso com a pesquisa!
Eu tentei aqui mas não tive sucesso, provavelmente estou errando em algo básico. na página do Blastn eu coloco a Stem-loop sequence do meu miRNA (aae-mir-2940) na aba Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) do BLAST porém como resultado eu não encontro o esperado, que era o gene codificante para uma metalloprotease. Como resultado obtenho só
>ref|NW_001810888.1| Aedes aegypti strain Liverpool supercont1.222, whole genome shotgun
sequence
Length=1795534
Features flanking this part of subject sequence:
19685 bp at 5' side: glutathione S-transferase, putative
Então. Você ainda pode tentar fazer o blastx com o código de acesso do seu miRNA ou o FASTA, que é o que dá mais certo. O segredo é não desesperar-se! Quando isso aconteceu em comigo, eu quase entrei em pani. Mas é se acalmar que logo se resolve. No entanto, se no final, nada der certo, você pode recorrer ao Núcleo em Ecologia e Desenvolvimento Sócio-Ambiental de Macaé (NUPEM/ UFRJ). O lab em que faço IC fica lá. Qualquer coisa, pode aparecer!
Mas enfim, tente isso!!
Vá a página do blastx (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&BLAST_PROGRAMS=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome) e em Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) coloque a sua sequência FASTA ou código de acesso e clique em blast.