For sequence publishing, should I take into account the common structure of retrotransposon (LTR-gag-int-RT/RH-LTR)? Or BLASTX similarity results, where all proteins are with weak similarity to minus strand (if structure is as mentioned).
Dear Angelika,
An interesting question. What I would do is go to NCBI and search by gene. If you scroll down to the gene info you get the orientation of the gene. If you look carefully in this section, you will find a magnifying glass. By pressing on it, you can paste your sequence into a free text window and press enter. It will only take a few seconds to locate your sequence. Once found, double click on the results and you will have your sequence and everything with it. Remember, when publishing data about your sequence it will preferentially be in 5'-> 3'.
Good luck,
René
Thank you for response. I searched in NCBI and it is located only in two BAC clones in "plus" strand and structure in that case is as expected for retrotransposon polyprotein (gag-int-RT/RH), but reviewer of the sequence argued that it is in reverse compliment orientation and I should change it. I do not understand why.
I know, that for genes splice sites of the introns may indicate the orientation. Maybe there are similar tricks for mobile genetic elements, that usually do not contain any introns. There are no strongly similar proteins or genes for that sequence in NCBI, as it is unannotated element. Identities with domains are around 39 %, positives-50%.
I still haven't the answer on my question. I would appreciate a new comments on this topic.
Ориентация неизвестной последовательности должна быть проверена по BLAST, в BLASTе всегда в "правильной" ориентации белки и ДНК. И если твоя последовательность в не "той ориентации" там будет видно по координатам.
Спасибо за ответ. Даже если этот участок BAC клона в межгенном ДНК?
Дело в том, что в мною предложенной ориентации она на+ в BLAST NCBI в нескольких ДНК на BAC, но в "-", если искать подобие в BLASTX (Gydb, TREP). Позиция белков (которые очень слабо схожи с белками известных элементов) верная опять-таки по схеме в мною предложенной ориентации и тогда он gypsy тк int по середине. элемент пренадлежит неизвестному малокопийному классу, рецензенты просто делают BLASTX, большенство RT похож на "Copia" (хотя есть и Gypsy) и опубликовали элемент в обратной ориентации, и запретили мне даже что-то возражать. Знаю, что разные чудеса в структуре ретроэлементов могут быть. Может я что-то не понимаю, но рецензенту нет времени ответить или объяснить.
надо найти конкретный ретротранспозон более чем в одной копии в данном организме и поискать в других видах. Только так можно подтвердить, что это ретротранспозон, а не химерная единичная копия чего-то, после рекомбинации. Так что первое, доказать многокопийность данного элемента и наличие в других видах (близких и дальних). И если ориентация гена будет во всех случаях как ожидается, то такова и будет как правильная. Если копийность не известна и вы работает только с единичной копией из ВАС клона, то надо искать и секвенировать больше, с помощью длинного ПЦР с LTR на LTR или как иначе.
- Badges
- Science topic
- Similar topics
- Biological Science
- Molecular Biology