What is the most suitable experimental setting to understand the consequences of a particular gene: (1) targeted degradation of the specific transcription factor (TF) of the gene, followed by transcriptional analysis; (2) degradation of its mRNA using antisense oligonucleotides (ASOs); or (3) creating a knockout of the gene? Additionally, what are the limitations and rationale behind the preferred choice?
Asumiendo que consecuencias se define como fenotipo visible, entiendo que la degradación del ARNm podría ser la alternativa más eficaz en tejidos específicos y en grupos etarios bien definidos. Los experimentos con genes knock-out han dado muchas veces sorpresas no buscadas para un diseño específico, aunque si otras respuestas como fue el caso de los genes presenilina I y II cuyo fenotipo de las crías de ratones knock-out era similar a ciertas displasias esqueléticas humanas, lo que abre otros interrogantes como por ejemplo el pleiotropismo
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