May be you could have a look to the works of Jacques Haury in France (for macrophyte indices, but used in rivers) and in the two following references (In french). It could be useful.
1. Haury J., Dutartre A., Peltre M.-C., 2008. Le groupement d’intérêt scientifique « Macrophytes des eaux continentales ». N° spécial Ingénieries E.A.T – Plantes aquatiques d’eau douce : biologie, écologie et gestion : 7-8.
2. Haury J., Muller S., 2008. 4 – Les communautés de macrophytes : typologie, dynamique et production. N° spécial Ingénieries E.A.T – Plantes aquatiques d’eau douce : biologie, écologie et gestion : 37-50.
Mack, J. M., N. L. Husat-Avdis, E. C. Braig IV, & D. L. Johnson. 2008. Application of a vegetation-based index of biotic integrity for Lake Erie coastal marshes in Ohio. Aquatic Ecosystem Health and Management 11(1):91–104.