Olá Jonas, acho que as principal métricas para medir o desempenho de uma startup de software são o faturamento e o lucro da startup.

Outro fator muito relevante é o potencial de faturamento futuro da startup, mas isso é muito difícil de medir, é quase sempre um chute.

Para startups em mais estágio inicial é bem interessante medir o custo de aquisição de 1 novo cliente e a receita que 1 novo cliente traz para a empresa ao longo de todo o seu ciclo de vida para a empresa. Veja, por exemplo, https://pt.wikipedia.org/wiki/Custo_de_aquisi%C3%A7%C3%A3o_de_clientes

Abraço,

Fabio.