(1) pacotes dentro do ModelMuse que resolvam numericamente o transporte advectivo de substâncias orgânicas. No caso ele é baseado no ModFlow e é gratuíto pela USGS. O modflow vai resolver o fluxo de água no meio poroso, neste caso você pode adicionar diversas camadas com propriedades hidráulicas diferentes. Dessa forma eu creio que você consegue representar no modelo as camadas no aterro facilmente. Daí a questão do transporte do chorume pode ser resolvida com os pacotes PHT3D e PHAST. Não existe nenhuma dificuldade em fazer a representação do transporte reativo do necrochorume. Só que vc vai ter que ter os coeficientes da cinética da reação do efluente determinados em laboratório pra conseguir fazer o calculo da pluma de contaminação.
(2) Caso você queira entrar mais no mérito da geoquímica tem o PHREEQC que realiza diversas transformações químicas em meios porosos. Ele também é gratuito pela USGS.