hi guy,

i'm try write a bash pipeline for prepare ligands for docking,

but no puedo run loops. please help me.

#Convertir smiles to sdf

#b= "name" puede ser modificado según su caso

for i in line $(cat smiles); do #smiles es el nombre del archivo que contiene input liena por linea

b='smiles_output'

echo "Processing this script written for ROPON PALACIOS G."

mkdir $b

babel -ismi $i -osdf ${b}/smile_*.sdf

cd $b

done;

#Convertir sdf to pdb generando configuranción 3D y agregando H a pH 7.4

for i in *.sdf; do

echo "Processing this script written for ROPON PALACIOS G."

babel -isdf $i -opdb ligando_*.pdb --gen3D -p 7.4

cd $c

done;

#Renombrar los archivos part 1

for FILE in *; do

NEWFILE=`echo $FILE | sed 's/^.sdf//'`;

mv $FILE $NEWFILE

done;

#Renombar los archivos part 2

for FILE in *.pdb; do

NUM=0;

NUM='expr $NUM + 1';

mv $FILE ${FILE}_$NUM;

ls -l

done;

#Optimizando la geometría

for i in smile_*.pdb; do

echo "Processing this script written for ROPON PALACIOS G."

obminimize -ff MMFF94 -n 10000 -sd -c 1e-9 $i;

done;

#Convertir pdb to pdbqt file para run virtual screening

for i in smile_*.pdb; do

b= 'pdbqt_ouput'

echo "Processing this script written for ROPON PALACIOS G."

mkdir $b

babel -pdb $i -opdbqt ${b}/ligand_*.pdbqt;

done;